Jesse和他/她的朋友们都被迫撤退到安全区域，一边躲避着凋灵风暴的袭击一边建造沿途的桥梁。在一个洞穴里，他们停下休息。Gabriel或Petra的记忆开始复苏，回忆起更早些时候的某些事件。在外面，Soren和Ivor在争吵关于凋灵风暴的一些事，但Ivor也透露，凋灵风暴是故意跟踪Gabriel给Jesse的护身符。Ivor对他造成的麻烦表示歉意，并说他有一个解决方案：他有一个“命令方块附魔书”，可以附魔在武器或工具上以摧毁凋灵风暴内的命令方块。接受这个方案后，Axel决定留在原地，而其他人重新向位于边境之地的Ivor的实验室出发。
他们决定在沼泽休息，并在再次出发前找到了一些食物。Jesse和Ivor发现附近的沼泽有一个蛋糕被放在窗口，但Ivor警告他，女巫讨厌入侵者。避开蛋糕后，女巫回到了小屋，用药水攻击了Jesse。Jesse和小队好不容易逃脱猛攻并到达边境之地。他们发现Ivor的实验室的入口前面有一个迷宫。绕过迷宫后，发现一个待加工的飞行器，伙伴因为被怪物围攻而不得不使用飞行器脱离。
他们到达实验室后，发现是一个很像第一章EnderCon舞台地下室的图书馆，但很快Jesse发现了一个暗门。通过暗门时，Jesse、Soren和Reuben不小心触发了绊线勾，迫使在他们三个与其他人分离。在地下室里面，Jesse和Soren发现了岩石之令的五个宝藏（海晶碎片、海晶灯、恶魂之泪、浮冰和一个龙蛋），Soren把关于它们的故事讲了出来，并利用故事的顺序（恶魂之泪、海晶碎片、海晶灯、浮冰、龙蛋）来打开另一扇门，使他们到达了一个有着末地水晶的房间。Jesse意识到末地水晶应该在与末影龙战斗时已经爆炸，并迫使Soren说出真相。Soren说，末影龙实际上是被Soren用命令方块使其从世界上消失了，终致Ivor成为首位离开岩石之令的人。突然，其他人和Ivor出现，Jesse的一群朋友都被这个事实震惊了。Ivor接受了Soren的道歉。他递给Jesse一些钻石和“命令方块附魔书”让他/她制造附魔钻石武器，用来摧毁那个命令方块，并把它使用在了钻石工具上。他还展示了一些盔甲，并称“经过了附魔并能够承受TNT爆炸”。每个人都准备好了时，他们回到堡垒和凋灵风暴战斗。
回到Soren的堡垒外围，Axel迎接了他们。如果，那么Gabriel这时拔出剑并要和凋灵风暴战斗（然而跑向了错误的方向），然后Ivor去追Gabriel。一行人一起前往堡垒内部，这时Soren突然害怕并逃跑，如果玩家在第一集选择了救出Gabriel，那么Ivor此时去追Soren。然后Jesse试图通过挑起末影人的怒气使他们被凋灵风暴吸走来摧毁它。末影人从凋灵风暴那里取走方块，做出了一个大缺口。他们使用了他们所有的物品建造了一个让Jesse进入凋灵风暴体内的机器，或者一瓶跳跃药水（取决于在沼泽小屋内玩家有没有搜查箱子）。机器/药水起作用了，将Jesse和Reuben发射进/跳进凋灵风暴。凋灵风暴里面，Jesse和Reuben找到并发现命令方块被六个触角包围着。由于Jesse的附魔武器，命令方块开始开裂，激怒了凋灵风暴。Jesse闪避触手，并使得他/她第二次砍裂命令方块。然后，Jesse被甩到了地面上。他/她试图通过“阳台”上去，但又掉了下来。凋灵风暴的体内产生了三个凋灵风暴头。Jesse通过凋灵风暴头的激光爬了上去。他/她被触手打到，武器掉到了地上。Reuben勇敢地跳过了触手并把武器递给了Jesse，可凋灵风暴头却咬住了Reuben，Jesse没能抓住Reuben，以至Reuben掉出了凋灵风暴体内，Jesse最后尽全力砍碎命令方块，凋灵风暴死亡，后爆炸，Jesse跌落在水面上，末影人也全部瞬移离开这片地方。
回到地面上，Jesse发现了奄奄一息的Reuben，它不幸地摔在地面上，在挣扎数刻后不幸去世。同时，Petra/Gabriel的记忆全部恢复，Gabriel/Petra的凋零病也好了，所有被吃掉的人被解救出来了，大家围在Jesse旁，为Reuben的离去而难过。然后大家回到末影嘉年华，一周后，一个Reuben的纪念碑被建成了，每个人都祝贺Jesse和他的一群朋友（现在被称为新岩石之令）终结了凋灵风暴，玩家可以选择让Gabriel说出末影龙的真相或让人们相信谎言。他们随后又重新出发，进行下一次冒险。
语言