Jesse和他/她的朋友們都被迫撤退到安全區域，一邊躲避著凋零怪風暴的突襲一邊建造沿途的橋梁。在一個洞穴裡，他們停下休息。Gabriel或Petra的記憶開始復甦，回憶起更早些時候的某些事件。在外面，Soren和Ivor在爭吵關於凋零怪風暴的一些事，但Ivor也透露，凋零怪風暴是故意跟蹤Gabriel給Jesse的護身符。Ivor對他造成的麻煩表示歉意，並說他有一個解決方案：他有一個「指令方塊附魔書」，可以附魔在武器或工具上以摧毀凋零怪風暴內的指令方塊。接受這個方案後，Axel決定留在原地，而其他人重新向位於邊境之地的Ivor的實驗室出發。
他們決定在沼澤休息，並在再次出發前找到了一些食物。Jesse和Ivor發現附近的沼澤有一個蛋糕被放在窗口，但Ivor警告他，女巫討厭入侵者。避開蛋糕後，女巫回到了小屋，用藥水攻擊了Jesse。Jesse和小隊好不容易逃脫猛攻併到達邊境之地。他們發現Ivor的實驗室的入口前面有一個迷宮。繞過迷宮後，發現一個待加工的飛行器，夥伴因為被怪物圍攻而不得不使用飛行器脫離。
他們到達實驗室後，發現是一個很像第一章EnderCon舞台地下室的圖書館，但很快Jesse發現了一個暗門。透過暗門時，Jesse、Soren和Reuben不小心觸發了絆線勾，迫使在他們三個與其他人分離。在地下室裡面，Jesse和Soren發現了岩石之令的五個寶藏（海磷碎片、海燈籠、幽靈之淚、冰磚和一個龍蛋），Soren把關於它們的故事講了出來，並利用故事的順序（幽靈之淚、海磷碎片、海燈籠、冰磚、龍蛋）來打開另一扇門，使他們到達了一個有著終界水晶的房間。Jesse意識到終界水晶應該在與終界龍戰鬥時已經爆炸，並迫使Soren說出真相。Soren說，終界龍實際上是被Soren用指令方塊使其從世界上消失了，終致Ivor成為首位離開岩石之令的人。突然，其他人和Ivor出現，Jesse的一群朋友都被這個事實震驚了。Ivor接受了Soren的道歉。他遞給Jesse一些鑽石和「指令方塊附魔書」讓他/她製造附魔鑽石武器，用來摧毀那個指令方塊，並把它使用在了鑽石工具上。他還展示了一些盔甲，並稱「經過了附魔並能夠承受TNT爆炸」。每個人都準備好了時，他們回到堡壘和凋零怪風暴戰鬥。
回到Soren的堡壘外圍，Axel迎接了他們。如果，那麼Gabriel這時拔出劍並要和凋零怪風暴戰鬥（然而跑向了錯誤的方向），然後Ivor去追Gabriel。一行人一起前往堡壘內部，這時Soren突然害怕並逃跑，如果玩家在第一集選擇了救出Gabriel，那麼Ivor此時去追Soren。然後Jesse試圖透過挑起終界使者的怒氣使他們被凋零怪風暴吸走來摧毀它。終界使者從凋零怪風暴那裡取走方塊，做出了一個大缺口。他們使用了他們所有的物品建造了一個讓Jesse進入凋零怪風暴體內的機器，或者一瓶跳躍藥水（取決於在沼澤小屋內玩家有沒有搜查儲物箱）。機器/藥水起作用了，將Jesse和Reuben發射進/跳進凋零怪風暴。凋零怪風暴裡面，Jesse和Reuben找到並發現指令方塊被六個觸角包圍著。由於Jesse的附魔武器，指令方塊開始開裂，激怒了凋零怪風暴。Jesse閃避觸手，並使得他/她第二次砍裂指令方塊。然後，Jesse被甩到了地面上。他/她試圖透過「陽台」上去，但又掉了下來。凋零怪風暴的體內產生了三個凋零怪風暴頭。Jesse透過凋零怪風暴頭的激光爬了上去。他/她被觸手打到，武器掉到了地上。Reuben勇敢地跳過了觸手並把武器遞給了Jesse，可凋零怪風暴頭卻咬住了Reuben，Jesse沒能抓住Reuben，以至Reuben掉出了凋零怪風暴體內，Jesse最後盡全力砍碎指令方塊，凋零怪風暴死亡，後爆炸，Jesse跌落在水面上，終界使者也全部瞬移離開這片地方。
回到地面上，Jesse發現了奄奄一息的Reuben，它不幸地摔在地面上，在掙扎數刻後不幸去世。同時，Petra/Gabriel的記憶全部恢復，Gabriel/Petra的凋零病也好了，所有被吃掉的人被解救出來了，大家圍在Jesse旁，為Reuben的離去而難過。然後大家回到終界嘉年華，一周後，一個Reuben的紀念碑被建成了，每個人都祝賀Jesse和他的一群朋友（現在被稱為新岩石之令）終結了凋零怪風暴，玩家可以選擇讓Gabriel說出終界龍的真相或讓人們相信謊言。他們隨後又重新出發，進行下一次冒險。
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