蘑菇有很多用途。它们可从以下三个来源收集：普通的小型蘑菇，巨型蘑菇和哞菇。
小型蘑菇
因为蘑菇无法在亮度等级大于12的地方生长，所以种植者必须仔细考虑如何规划光源。蘑菇可以在光线昏暗的不透明方块上种植，不需要水、沙子和多余的空间，与农作物、仙人掌、树苗不同。但是即使在夜间，它们依然只能被种植在白天时亮度小于13的区域。例外是菌丝和灰化土，如果在菌丝或灰化土上种植蘑菇，那么即使完全暴露在日光下也没有问题。随后它们会缓慢扩散到其他的不透明方块上，包括它们不能被种植的地方。蘑菇只有在9x9x3空间内小于5朵蘑菇的时候才会扩散。
在小型蘑菇种植中主要的风险是种植区内经常生成的怪物（和平难度除外），因为种植蘑菇需要低亮度的环境。这种风险可以用一些方法排除。一个简单的办法是在蘑菇的生长区域上方两个方块以上放置火把（有些时候是在天花板上凿个小洞）。另一个办法是把种植区的高度限制在一方块，并在走道上铺台阶。由于怪物无法在半格高度内生成，所以这可以减少危险。也可以使用一个流水装置将蘑菇从房间里带出并集中到一个地方，用漏斗自动收集。下界是一个安全的种植蘑菇的地方，因为那里的怪物不会在小空间里生成。
过去数个版本的更新让小型蘑菇种植变得更困难。在Java版1.13前，在地上挖个1x1x1的坑，倒上水，就可以让蘑菇长在坑里面。
传播扩散原理
蘑菇每次接收随机刻时都会有4%的概率尝试传播。此时，系统会选中一个与该蘑菇相邻的方块，若蘑菇可以人工种植在该处，则该处会长出蘑菇，否则此次尝试失败。传播位置的选择并非完全随机，其算法分为多个步骤，且与该蘑菇周围的可传播方块有关。
传播算法的部分关键机制如下：
- 理论上蘑菇最多可传播到5格远的位置（直线沿任意坐标轴方向），但前提是其间的方块必须都为可传播方块。而且传播5格远的概率极低，绝大多数情况下蘑菇的传播距离不会超过2格，且只传播1格远的概率最高。
- 可传播位置与原蘑菇位置的y坐标差距越小，该位置就越有可能传播蘑菇。这进一步降低了蘑菇传播到不同高度处的概率。
可传播方块的判定条件如下：
另外，蘑菇在周围9×3×9的范围内存在5个及以上的同种蘑菇时不会尝试传播。
巨型蘑菇
巨型蘑菇最小生长条件。
如果有足够的可利用空间，且蘑菇是被种植在泥土、草或菌丝上，在一个红或棕色蘑菇上使用骨粉会生成巨型蘑菇。巨型蘑菇在被收获时能提供20朵以上的蘑菇。右侧的图片说明了最小生长条件：
- 上方的木头说明了一棵这种大小的巨型蘑菇生长所需要的最小高度。巨型蘑菇可以长到5-7格高，最大高度比它上方可利用的空间低一个方块。因此，如果在上方7米有个方块，巨型蘑菇总会长到5个方块高。
- 下方的平面说明了所需要的面积为7×7。和巨型蘑菇的茎相邻的方块必须为空气，但对其他的方块没有要求。
- 右侧的菌丝表明了因为巨型红蘑菇的覆盖面积较小而产生的所需空间的重叠。
- 在红色蘑菇旁边放置方块一般不会阻止蘑菇成长为巨型蘑菇，除非有方块直接挡在生长的路径上或者伞盖上。利用这个原理你可以用泥土围住蘑菇杆的生长路径来降低光照，让你的蘑菇在更接近地表的地方生长。然后在长成后填上你的隧道与蘑菇里面的泥土就可以了。
注意巨型蘑菇仍然会尝试生长成一个比可利用的空间高的高度，失败并浪费一份骨粉。因此通常最好以最大可利用空间去种植（7×7×8），以便骨粉永不浪费。
携带版中，红蘑菇可以长到13米高。
哞菇
用剪刀为哞菇剪除蘑菇会掉落5个对应颜色的蘑菇，并使它变成普通的牛。通过繁殖新的幼年哞菇，可替代被剪除蘑菇的成年个体。
收集方法
哞菇养殖
这个方法需要繁殖哞菇并为其剪除蘑菇。修剪时会掉落5个对应颜色的蘑菇。当哞菇被闪电击中时，哞菇的颜色会在红色和棕色间转换，可由此获取两种颜色的蘑菇。
基础蘑菇种植
这个方法利用光线来为初级的蘑菇种植者提供确保没有怪物威胁、没有采矿需求的蘑菇农场。建造一个两格高并且和需求一样宽广的房间。按正常间隔在天花板上凿一个洞，放入一个火把产生较弱的光源。这将使地面的亮度等级保持在10，允许蘑菇生长繁殖。你可以每隔6个方块放一个火把来确保没有怪物生成的危险。这么设置将让蘑菇以最快速度生长。将蘑菇植入地上并等待其生长完毕即可。 另一种方法是把种植区域压缩至只有一格高，并在所有供人行走的道路上铺上台阶，然后利用流水将生成的蘑菇聚集到一处，最后用火把照亮其余的地方。由于怪物不能生成在一格高的地方或台阶路面上，这样做可以尽可能地避免怪物生成。下界是实现这种方法的理想场所，因为下界的怪物不会生成在小地方。 用上述两种方法种植蘑菇会由于其缓慢的生长周期而十分低效。另外一种方案是在地下准备一个大空间，在里面用骨粉培育巨型蘑菇，巨型蘑菇的每个方块都有几率掉落蘑菇。为了确保骨粉来源稳定，玩家可以设置农场种植小麦、马铃薯、胡萝卜、南瓜或西瓜作为“供料植物”，用堆肥桶把作物与多余的种子变为骨粉。
隧道法
这是一种在白天的任何时间都可以操作的种植法。这种方法无需菌丝，但是需要骨粉。首先要在蘑菇生长的地表下面挖一个二或三格深的隧道，在底部种上蘑菇，然后挖一格宽的路径走上地表。如果蘑菇在地表以下足够深处，当暴露在光下时它就不会长大。这个时候一旦有光，你就应该施用骨粉并观察其是否能生效。如果不生效，说明蘑菇的成长路径上有过多的方块，这时你可以把蘑菇种的离地面近一些来使其生长。
半自动蘑菇农场
- 每隔2个方块就放置一条长15米的红石。在这个电路上放置一个按钮。在每行红石之间放置黏性活塞。在所有物品的上面放置泥土（包括活塞和红石）。放置一个活塞电路能让水流在原来的电路中流动。然后在里面加入一个拉杆。按照长度调整电路（相对于长度我更倾向于宽度，这样连接更简单）。
- 在红石上方的泥土上种植蘑菇。
- 使用按钮来强行移除蘑菇，然后拉动拉杆让蘑菇流向你。在地面以下重复制作这样的设计，每次重复上一层楼。能够让水流最终汇聚到一个中央区域，更方便你收集蘑菇。
全自动蘑菇农场
使用发射器放水配合阳光探测器电路
将蘑菇“种子”种在中央的平台上，与“侧平台”相隔一方块，蘑菇将会传播到“侧平台”上，水流每天冲刷一次“侧平台”，将蘑菇送进漏斗，最后存进箱子。
中央平台可以最多种4个同种蘑菇。种更多的蘑菇虽然能增加传播速度，但也会更快达到上限。在视频中每种蘑菇种植了3个，这样效率最高。
为了提高效率，“侧平台”应为一方块高。视频中的中央平台的两侧使用了玻璃，因为蘑菇不能透过玻璃传播。
一个阳光探测器电路一天发出两个脉冲，激活或收回发射器中的水桶，水流会冲刷“侧平台”约12秒，足够将新长出的蘑菇冲进漏斗。
如果农场由菌丝建成，那么可以不盖屋顶。
运用活塞
可以使用活塞建设一个简单的完全自动化的蘑菇农场。首先要建设一个高度为2格的房间，在这个房间的地上挖宽为2格的沟，放置水流，该水流的目的是为了将已经收获的蘑菇送出房间。蘑菇应该沿着这条水流的两岸种植，每隔一格留空。最后，将活塞面向水流放置在没有种植蘑菇的方块外侧。
将活塞连接到房间外的开关，将水流引到合适的收集地点，然后将房间封闭以保证黑暗，唯一的出口应为1x1大小，用于让水流出。最终，蘑菇会扩散到活塞面前的方块，激活活塞将蘑菇推入水流，然后收回活塞即可，不需要重新种植蘑菇。
若想增加效率可以依样扩建。这个系统可以使用高度仅为1格的房间，虽然布置的时候可能有点困难。
活塞/玻璃为主（“干法”）
这个设计的原理是如果蘑菇下方的方块被换成玻璃，蘑菇就会掉落。活塞可以推动12个方块，如果间隔放置不透明方块和玻璃，任何生长在上面的蘑菇都会掉落。
基本设计是正中种植一列蘑菇，两侧各放置上述设置的一组活塞。当按下开关，信号先激活第一组系统，导致蘑菇掉落，信号延迟12刻（3个红石中继器）后激活第二组系统，收获剩余的作物。
这种设计通常在下界运用，因为此方法无需用水。它的好处是结构简单、材料易得。
户外巨型的蘑菇栽培（无菌丝，Java版1.13前）
有一种方式可以使巨型蘑菇在户外生长。挖一个1x1的坑，里面倒上水，再把蘑菇放在水里，再快速用骨粉增大使其成为巨型蘑菇。如果添加骨粉的速度不够快，蘑菇会掉落。
视频
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全自动蘑菇农场教程。
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教学视频HybridCraft出品。
历史
- 自从Java版1.6，蘑菇会缓慢的扩散到附近的不透明方块上，这个条件允许了农场的建立。然而，蘑菇扩散的速度相当的慢，因此，当没有多个蘑菇的时候要开始经营一个蘑菇农场将会是一个考验。
- 在Java版Beta 1.8后蘑菇的扩散被削弱了，所以一个蘑菇只会它周围少于5个蘑菇的9x9x3的区域内扩散。这使得蘑菇养殖变得十分低效，很多之前可行的方法（尤其是“五重水流管道（water flushable pentapipe）”）将不会在Beta1.8以上的版本中工作。然而，巨型蘑菇的加入提供了一个更快更好的替代选项。
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